初始，日月潭水域有兩間宮廟，一為第八堡的「益化堂」，二為第九堡的「龍鳳宮」。二廟的神祇，保境安民，向為居民所敬奉。不止於漢人，即連卜居於此的邵族原住民，在歷經瘟疫的侵襲後，祈求眾神施法保祐，疫情得以消沈，也開始祭祀神明。
日治時期，規畫日月潭水力開發，擬興建亞洲最大的水力發電廠。開鑿山洞，引濁水溪水以注潭內。民國二十三年（1934），日月潭水位上升二十餘公尺，潭邊耕地淪為水域，居民被迫遷移，而「益化堂」和「龍鳳宮」也是如此。為免神像分散奉祀，經二廟管理人及地方人士協商，決議擇地興建合祀二廟神祇的新廟。於是推舉當時魚池庄庄長陳金龍為主任委員，黃火爐、黃佛緣為副主任委員，黃朝來、黃阿珠、賴江和等為常務委員，地方人士三十一人為委員，積極籌建。籌建委員會申請租用日月潭北山保安林地為廟地，以南朝式磚木、臺灣瓦為建材，於二十三年（1934）十一月興工，歷經四年，於二十七年（1938）竣工，基地面積零點五四三五公頃，建築物面積八十坪。奉祀孔子、文昌帝君、關聖帝君及從祀諸神，故統稱「文武廟」。
「文武廟」於民國四十七年（1958），為適應實際需要，並遵照政府規定，成立管理委員會，由洪振諒擔任第一屆主任委員。訂立章程及管理細則，作為廟務處理及推廣的依據。五十三年（1964），籌建招待所，越明年招待所落成，湖邊碼頭及登天梯也完成，水陸交通便捷，香客日增。五十六年（1967），管理委員會鑒於香客前來參拜的數量大增，廟庭及腹地狹小，而廟又已舊，亟需重建。於是在五十七（1968），將管理委員會改組為財團法人制，成立董事會，定名為「財團法人臺灣省日月潭文武廟」。董事會負責管理廟務，並推動重建工作。
重建工程於五十八年（1969）八月展開，邀請當時南投縣長林洋港破土，正式開工。由於工程浩大，人力及經費所需甚殷，於是廣邀地方熱心人士共襄盛舉，得到熱烈的回應。木業鉅子孫海支援推土機整地，其一例也。而政府當局對本廟的重建，期許甚高，多方支援，亦為一大助力。乃因擘畫精細，分工合作良好，工程進行順利。六十年（1971）主體建築已大部完成，六十一年（1972）一月舉行鎮座安香典禮。
嗣後續辦零星工程，美化環境，而於六十五年（1976）正式落成。基地面積一點零五四九公頃，建築物面積一千零六十一坪，總工程費二千一百五十餘萬。所用木石材料之貴，雕刻技術之精美，就當前寺廟建築而言，實無出其右。殿宇輝煌，格局弘闊，文武廟乃氣象一新。
民國八十八年的九二一大地震，重創臺灣各地，而南投在震央，損傷尤鉅。本廟在地坼天崩之餘，斷柱殘垣不忍卒睹。為使眾神降臨有所，信眾鄉親心靈得寄，勢須整建。而大難之餘，人力侷促，經費困難，整建又須大筆人力物力。本廟除卻尋常開支，平日多用心於公益，存款無多。逢此鉅變，真令人不知所措。幸賴本廟董監事諸公，及執事同仁，在董事長領導下，戮力同心，銳志整建。本人忝居末行，奉命奔走，四年之餘，與同仁辛苦倍嚐，斑斑血淚，點滴在心。幸得道多助，得有政府機關、地方單位補助，及四方信眾大德的捐輸，卒成整建大事。本廟由此面目一新，氣象更為恢宏，虔祝可長可久，大業千秋。本人感觸既多，感激更重，爰將經過大事略記於次。
88年9月21日凌晨1：47分，發生芮氏7.8規模大地震，造成廟方鼓樓、涼亭倒塌，拜殿、武聖殿、大成殿因短柱效應鋼筋彎曲裸露，香客大樓受周邊駁坎擠壓亦不能倖免，受損嚴重。凌晨，香客大樓工作人員立刻應變，將旅行團六十四位旅客疏散到廟區安全地帶，並假香客大樓前庭造飯，安排早餐。隨即派員瞭解連外路況後，於午前護送旅行團轉赴台中。旅行團領隊及旅客均認為非常幸運，並肯定本廟所作應變措施。因飯店水電線路均受損，於是逐一理庫存物品，並迅速適當處置。
廟區部份，將販賣部無損傷藝品先行清理，放置於辦公室，並動員清理掉落石塊。由於六級以上餘震不斷，造成各殿建物加劇損害，為顧及人員安全，暫時將廟門關閉，三川牌樓進出處並以黃色警戒帶正式封閉。
震後四天（9月25日），召集董監事舉行緊急會議，研商善後工作，為能迅速處理緊急事宜，成立應變小組。成員有張董事長、常務董事古水生、王坤連、賴義忠，董事劉文欽、張瑞標、羅文虎，監事廖學輝、梁政裕，等人擔任。並於88年10月10日與10月29日，先後舉行應變小組會議決議，原議定舉行「大成至聖先師孔子2549週年聖誕」相關活動全面停辦。販賣部、香客大樓存貨，盡速聯絡協調貨主廠商辦理退貨。生財器具及物品集中存放於安全地方，俟建物鑑定後再作處理。
香客大樓之檢驗，先連絡原設計者曹智雄建築師勘驗，並循行政程序公聘結構技師、土木、建築師，但曹智雄建築師透過埔里前代表會主席劉國興先生，告知無法幫忙，請另委他人處理，期間蒞廟勘驗團隊有中聯、天擎、上緯、正健、震美、漢傑、壬新、賀傑、嘉鴻、新亞等工程顧問公司，經各團隊確認香客大樓、拜殿、鼓樓、涼亭等為危樓，遂請張董事長以鄉代表會主席公職關係，陳請921重建委員會補助鄉公所拆除，俾免廟方需再負擔拆除及廢料清運費用。
震後蒞廟視察長官，計有行政院副院長劉兆玄、政務委員黃大洲、交通部次長陳世圮、毛次長、觀光局張局長、省府主席趙守博、經建會主委江丙坤、日本東京知事石原慎太郎等蒞廟關心。
台灣省日月潭文武廟沿革誌
日月潭處台灣之中，屬南投縣魚池鄉，原為天然湖，環湖皆山，連峰疊嶂，與湖水漣漪相映，朝暉夕陰，氣象萬千，氣候夏涼冬暖，風景優美，中外馳名。
民國廿一年台灣電力公司，利用該潭建壩儲水發電，潭面達八百餘公頃，水位深七十尺，而原湖畔居民二百餘戶，水田一百八十餘公頃均淪為水域，當時水社村水社巷有龍鳳宮，北吉巷有益化堂二廟為信仰中心，後經二廟管理人黃佛緣、黃海、黃拱之發起，由魚池庄役場召開庄民大會議決，二廟廟產由電力公司收買，擇地合建文武廟，主祀孔夫子、關聖帝君，並作為移民紀念。
乃推選庄長陳金龍為委員長黃火爐為副委員長黃佛緣、黃朝來、黃阿珠、賴江和等為常務委員，地方人士三十六人為委員，租用潭北（現址）保安林地，申請募捐、積極籌建，民國二十三年十一月興工，歷時四載，於二十七年六月八日竣工落成。
嗣為廟址風景優美神威顯赫漸成為魚池、水里、埔里鄰近地區居民精神寄託信仰之所，為加強管理，於民國四十七年，訂立組織章程，成立管理委員會掌理廟務，旋於五十三年籌建招待所，同年五月開拓公路，五十五年建造廟前遊艇碼頭，自此本廟水陸交通稱便。
民國五十六年本廟管理委員會，僉以日月潭風景區發展迅速、香客甚多，舊址狹隘，建築簡陋，非重建不足以以資配合，乃開始籌畫，並先將管理委員會，改組為財團法人登記，成立董事會，管理廟務、同時推動重建工作，重建工程於五十八年十月正式開工，旋以工程浩大，人手不足，故擴大網羅地方熱心公益人士參與，於翌年四月成立重建執行委員會專司其事，由於分工適當、配合良好，工程至民國六十年底大部分完成，於六十一年一月三日鎮座安香工程告一段落，裁撤重建執行委員會，重建業務移歸董事會接理並續辦零星工程，至民國六十五年十二月重建工程全部完成，舉行落成大典，名潭古刹，數十年間，幾番整建、規模格局，逐次增加、氣象一新。
民國六十七年三月聘請卸任魚池鄉長林泉印先生，擔任總經理加強廟務管理，整修廟後景觀，施設忠義亭、、步道、，並加強水土保持維護，又承魚池鄉公所、南投縣政府、公路局，補助建設廟前護欄，廟側護坡，擴建廟前停車場，使廟宇場地更加安全，香客停車更加方便，日月潭觀光區更美觀更繁榮。
文武廟重建——各級首長各方人士支持協建功德無量
本廟於民國五十八年間經第一屆董事會決議重建，承木業鉅子孫海先生派推土機支援整地，蒙先總統
蔣公蒞臨基地，垂詢改建情形，諭示「氣魄要大，廟埕要寬，並分前、後殿，前殿祀武聖關聖帝君、岳武穆王，後殿祀至聖先師孔夫子。」繼蒙前省政府黃主席杰，蒞臨視察並核定以「北朝宮殿式建築」，乃於是年八月十六日請林縣長洋港動土開工，重建工程於焉開始。先總統
蔣公前後蒞臨工地巡視七次，親切垂詢工程情況，亦承省政府陳故主席大慶、徐前秘書長鼐、省議會謝前議長東閔、台北市高前縣長玉樹、本縣林前縣長洋港、歐前代縣長樹文、新光人壽保險公司吳董事長火獅以及各界多所鼓勵與協助，為時三載重建完成，廟殿宏偉，配合日月潭湖光山色，暮鼓晨鐘氣象更加動人，聖跡流傳千古，指導支持協建諸公功德無量矣。
文武廟興辦社會慈善公益事業畧記
（一）宣揚教義辦理文武聖神祭典
本廟大成殿，奉祀至聖先師孔夫子、武聖殿主祀關聖帝君、岳武穆王。
本廟為崇尚聖賢並發揚中華文化、闡揚至聖先師德配天地、道貫古今對中華文化之偉大貢獻。關岳二聖之大忠大義千古典範，每年聖誕隆重舉行祭典。
（二）改善學童飲水衛生，贈送各級學校飲水機
本縣屬山區，學校遍佈各村落，各學校飲水設備稍嫌簡陋，影響學童健康甚鉅，本廟自民國六十九年起分年統籌財源，購置冷熱飲水機，贈送各學校使用，全縣計購贈一五一台，對全縣學童健康頗有裨益。
（三）促進地方繁榮改善交通道路
本廟自民國六十九年落成以來，勤以興辦社會公益事業以造福社會為宗旨，舉凡有關改善交通道路全力協助經費促其完成。
（四）扶危濟困辦理急難救助及冬令救濟
本廟歷年來，繼續不斷依據實際情況及配合政府或自行辦理、急難救助及冬令救濟，人次不計其數屢獲各級政府頒發獎狀、獎牌。
（五）設立警察守望崗及標準鐘樓
為協助員警加強維護風景區遊客安全暨推動守時觀念，洽准國際獅子會三〇〇—C區及各分會，於停車場側，設立警察守望崗及標準鐘樓乙座，使備極辛勞之警察人員遮風避雨有所，而大型標準鐘，每小時以音樂鐘聲自動播送一次，既使整個日月潭遊客均知時間，亦增添名潭勝景另一情調。
（六）提倡正當活動，舉辦攝影、寫生、書法比賽
本廟位處日月潭風景區為配合政府政策，加強社會教育，發揮觀光效益及增進正當娛樂，經常舉辦各種比賽活動。
（七）加強地方服務，購贈魚池警察消防隊救護車
魚池鄉位於山間僻地，人口少，且分散，醫療設備，除魚池鄉衛生所外並無較具規模醫院，每遇急難，均須送往埔里、水里、或台中等處就醫，惟因運輸上甚不方便，往往喪失急救時效。本廟有鑒於此，配合縣政府籌資購贈救護車乙部以應需要。
（八）促進地方教育，辦理清寒學生獎學金
本廟自民國六十九年起舉辦全縣國中以上清寒學生獎學金。計分國中每人每年一、二〇〇元高中職及專科二、〇〇〇元，十年來發放九四四、四〇〇元正，對清寒優良學生鼓勵甚大。
（九）加強服務遊客設置特產品平價販賣部以平抑物價
日月潭風景區，馳名國內外已久，每年遊客達百餘萬人，因而特產品店林立，流動攤販為數亦可觀，惟有部分商販哄抬物價，予遊客不良印象，影響觀光事業，本廟未配合政府政策，消除惡習，特設立特產品平價販賣部，訂定不二價合理價格供應遊客，藉以平抑物價。如有盈餘則撥充為清潔及維護廟產費用。
（十）促進觀光事業發展，發揚中華文化——
設立書畫展覽室、圖書室、並協辦各種活動
本廟香客遍及國內外，為發揚中華固有文化，特設立書畫展覽室、圖書室以供香客參觀促進中華文化藝術流傳。
南投縣政府每年辦理日月潭活動週，舉辦划舟、帆船、拖傘、民藝等等表演比賽，暨三藏杯全省網球賽等活動，本廟均全力配合協助，成果輝煌。
推行社會公益超凡入聖——文武廟故董事長許清和先生
本廟故董事長許清和先生，生於民前十六年，彰化縣馬芝堡、馬興區、埔姜崙、年十八，偕同搬運工，遷居埔里社，為店員，，年廿五頂讓泉興行，勤勞認真經營。年卅任大肚城保正、兼區總代、年卅七任烏牛欄信用組合理事，年四十二任埔里街米穀組合長，年四十九任埔里街農會米穀部長，為地方服務不遺餘力。
許故董事長於台灣光復後，民國卅七年起熱心地方教育，曾任埔里國小家長會長多年，淡泊名利、與世無爭、皈依聖教，歷任：醒靈寺、參贊堂、醒覺寺、懷善堂、孔子廟、啓義堂、通天堂、修晤堂、天地堂等寺廟改建、重建委員、副主委、主委、董事長等職均不遺餘力尤掌日月潭文武廟重建執行委員會奔走策劃、推動工程進行、日以繼夜，全神注入，曾蒙先總統
蔣公前後接見嘉勉七次，建立不朽功績，今本廟堂皇廟宇可為永久紀念。
